Laboratorní diagnostika chřipky je důležitým nástrojem kontroly této infekce. V současné době hraje rovněž úlohu při individuální a kauzální léčbě pacienta. Pro diagnózu chřipky je k dispozici řada různých laboratorních testů. Některé detekují přítomnost virových antigenů, nukleové kyseliny viru, viry infikované buňky nebo infekční částice viru v respiračních sekretech. Důležitou součástí jsou i sérologické testy, založené na průkazu vzestupu titrů protilátek z párových vzorků sér (akutní a rekonvalescentní fáze) s časovým odstupem 14-21 dní.

Detekce vs. určení
Při primární péči nebo v nemocničních podmínkách, kde je hlavní snahou rychlost stanovení diagnózy, aby se umožnila účinná kauzální léčba, je vhodné použití rychlých diagnostických metod, jako je detekce antigenu nebo přímá imunofluorescence . Nezbytná je vysoká citlivost a specifičnost testu. Kontrola infekce a informace o  antigenní struktuře jsou v tomto případě méně důležité.

Rychlé testy
V posledních několika letech dosáhly významného rozvoje tzv. expresní metody, kdy výsledek stanovení průkazu viru je k dispozici za 10-30 minut. Tyto metody byly vyvinuty především proto, aby bylo možné kauzálně léčit chřipku inhibitory neuraminidázy, které se musejí aplikovat do 48 hodin od prvních příznaků chřipky. Mezi nejznámější diagnostické soupravy patří Directigen (výrobce Becton Dickinson). Druhou velmi používanou soupravou v praxi terénního lékaře je Quick View (výrobce GlaxoSmithKline).

Referenční laboratoř podílející se na surveillance chřipky má naproti tomu k dispozici celou sadu testů umožňujících přesnou a detailní antigenní charakteristiku izolátů viru chřipky, rostoucích na kuřecích embryích a citlivých savčích buněčných liniích.

Odběr materiálu
Materiál pro izolaci a průkaz viru se odebírá co nejdříve, nejlépe do tří dnů od začátku onemocnění.

Způsoby odběru:

1. Stěr N+K
   Nejčastěji se odběr provádí vatovým tamponem, kterým se setře oblast zadní stěny faryngu tak, aby se získalo co nejvíce buněk. Stejným způsobem se pak provede i výtěr z nosu. Konec tamponu se pak zalomí do lahvičky s transportním médiem. Vzorek je nutné ihned dodat do laboratoře. Pokud to není možné, uchovává se při teplotě +4 °C, nesmí být však zmrazen.

2. Výplach z nosu
   Provádí se sterilním, na tělesnou teplotu předehřátým fosfátovým pufrem nebo fyziologickým roztokem. Optimální množství je 20-50 ml a je závislé na konkrétním typu onemocnění a věku pacienta.

3. Nazofaryngeální aspirát
   Katétr o odpovídající tloušťce se zavádí nosními dírkami až do nosohltanu. Sekret je odsáván odsávačkou ze všech úseků, kudy katétr prochází. Po skončeném výkonu se proplachuje malým množstvím transportního média, aby se spláchly ulpělé buňky.

4. Endotracheální a bronchoalveolární laváž
   Musí být prováděny za bronchoskopické kontroly. Neprovádí se příliš často, je však indikována u pacientů s těžkým průběhem nemoci. K laváži se používá rovněž sterilní předehřátý fosfátový pufr nebo fyziologický roztok v množství asi 50 ml, který se po aplikaci opětovně odsaje.

5. Odběr plné venózní krve
   Užívá se pro stanovení titru protilátek. První vzorek v akutní fázi, druhý za 2-3 týdny po začátku onemocnění. Stanovení se provádí testem inhibice hemaglutinace nebo komplementfixační reakcí.

6. Pitevní materiál
   Je vhodné odebrat část trachey, popř. plicní tkáně z okraje pneumonického ložiska. Vzorek se transportuje do laboratoře ve fosfátovém pufru.

Kromě těchto dnes již klasických kultivačních metod průkazu viru s dostupností výsledků za 10-20 dní existují i další metody, které jsou označovány jako rychlé, a výsledek je k dispozici za 6-10 hodin po odběru klinického materiálu. Mezi tyto rychlé metody průkazu viru patří:

• elektronová mikroskopie
• enzymová imunoanalýza
• imunofluorescenční metody
• polymerázová řetězová reakce