Typové odlišnosti
Strukturálně jsou si viry chřipky A a B velmi podobné. Viry typu B mají pravidelnější tvar. Hlavní rozdíl mezi typem A a B je v kanálovém proteinu, který prochází lipidovým obalem. V případě viru A je to kanálový protein M2. V případě viru B tuto funkci zastává protein NB. Membránovým kanálem viru chřipky C je CM2.

Hlavním rozdílem mezi viry chřipky A a B na jedné straně a virem C na druhé straně je to, že virus chřipky C má jenom jeden povrchový glykoprotein (hemaglutinin) a obsahuje pouze 7 RNA-segmentů. Virus chřipky C neobsahuje neuraminidázu, její funkci přebírá acetylesteráza. Všechny pandemie byly vyvolány viry chřipky A.

Antigenní variace
Jedinečnou a pozoruhodnou vlastností virů chřipky A je častost antigenních změn. Změna struktury virového antigenu vede k infekcím variantami, proti nimž je v populaci jen malá nebo žádná odolnost. Je známo 16 hemaglutininů a 9 neuraminidáz, které mohou vytvářet různé kombinace.

Každoročně nebo skoro každý rok dochází k drobným odchylkám v  antigenní struktuře viru. Mechanismus těchto změn je sledován hlavně u hemaglutininů. Jde vesměs o změnu jedné nebo několika molekul aminokyselin na jedné nebo více z pěti rozhodujících pozic (domén) v molekule. Taková změna se označuje jako antigenní drift.

Po 9 až 40 letech cirkulace driftových změn chřipkového viru vzniká v populaci poměrně vysoká odolnost proti všem proběhlým variantám. Tehdy vznikají podmínky pro vznik nového viru, tedy pandemického, proti němuž v populaci protilátky nejsou. V případě takové velké antigenní změny, která se týká jednoho antigenu - hemaglutininu - nebo obou, tedy i neuraminidázy, se hovoří o antigenním shiftu.