Zdrojem nákazy způsobené viry chřipky A jsou lidé, ale i někteří živočichové - savci či ptáci. Virem chřipky B onemocní pouze lidé, viry chřipky C mohou způsobit lehký zánět dýchacích cest jednak u lidí, ale i u vepřů. K manifestnímu onemocnění dojde jen u těch živočichů, jejichž epiteliální buňky dýchacích cest mají receptory pro přichycení jen určitých subtypů virů chřipky A a jejichž metabolismus umožní replikaci těchto virů.

Viry chřipky A: zdrojem nákazy jsou lidé i někteří živočichové - savci či ptáci
Viry chřipky B: tímto druhem chřipky onemocní pouze lidé
Viry chřipky C: mohou způsobit lehký zánět dýchacích cest jednak u lidí, ale i u vepřů.

Respirační trakt člověka má receptory pouze pro lidské subtypy virů chřipky A s kombinací neuraminidáz N1 a N2 s hemaglutininy H1, H2 a H3, výjimečně i prasečí subtypy se shodnými hemaglutininy.

Ostatní viry chřipky A s kombinacemi hemaglutininu H1-H16 a neuraminidáz N1-N9 se označují jako viry ptačí chřipky. Byly izolovány vesměs od stěhovavých divokých kachen nebo stěhovavého vodního ptactva. Lidé nejsou vnímaví na ptačí subtypy a ptáci nejsou vnímaví na subtypy lidské.

Způsoby přenosu
Pandemie nebo epidemie , které postihují populaci na celém světě, jsou způsobeny viry chřipky A. Dochází k nim výlučně kontaktem mezi infikovanými a vnímavými jedinci. Nákaza se přenáší mezi lidmi od manifestně nemocných prakticky jen vzdušnou cestou drobnými kapénkami o rozměru několika mikromů. Nepřímý přenos kontaminovanými předměty je možný, ale méně častý. Virus chřipky přežívá v suchu při pokojové teplotě i několik dní, v prachu až 14 dní.

Infekční dávka chřipkových virů je nízká - zvláště jde-li o pandemický virus. Ovšem i v údobí mezipandemickém při driftových změnách viru mohou být rozdíly v jeho infekciozitě. Při větší infekční dávce je manifestnost chřipky až 100%.

Průběh infekce
Inkubační doba je většinou 1-3 dny, tj. čas, kdy postupně vrcholí replikace virů. Malá dávka viru potřebná k infekci, jeho hojné vylučování a krátká inkubační doba jsou hlavní příčiny explozivního průběhu chřipkových epidemií . Hromadný výskyt místně vrcholí během 2-3 týdnů a končí za 5-6 týdnů.

Infekce začíná na sliznicích horních dýchacích cest, především v průdušnici. Virus proniká do buněk řasinkového epitelu, kde se množí. Replikace je velmi rychlá - trvá jen asi 4 hodiny. Poté zralé viry opouštějí hostitelskou buňku a napadají okolní buňky. Během krátké doby je infikováno značné množství buněk dýchacích cest, které po opuštění virů zpravidla hynou.

Replikace virů po nákaze rychle narůstá a vrcholí do 24 hodin, kdy množství vylučovaného viru dosahuje hodnot 3,0-7,0 log TCID50/ml a přetrvává dalších 24-48 hodin. Kvantum nově replikovaných virů rychle klesá. Po pátém dni od prvních příznaků se již izolace viru nedaří.

Viry chřipky postihují především buňky sliznice respiračního traktu. Při hojení dochází k rychlé regeneraci epiteliálních buněk. Ojediněle byla zaznamenána virémie, a to již před prvními příznaky. Virus chřipky byl však opakovaně izolován ze srdce a vzácně byl ověřen jeho přechod placentou.