Povrchové antigeny
Součástí zevní vrstvy obalu chřipkového viru jsou dva povrchové glykoproteinové antigeny - hemaglutinin a neuraminidáza. Ty mají zásadní význam pro patogenezi nemoci. Oba jsou velmi proměnlivé a podmiňují rozlišování antigenních subtypů a variant. Až dosud bylo identifikováno 16 různých typů hemaglutininů virů chřipky A, které se označují pořadovými čísly H1-H16, a 9 různých typů neuraminidázy označovaných N1-N9.

Označení dostal hemaglutinin podle schopnosti aglutinovat červené krvinky různých živočišných druhů. Je asi 10 nm dlouhý a skládá se ze dvou polypeptidů. Vizuálně vypadá jako trojhranolek. Prostřednictvím hemaglutininu se virion přichycuje na povrchové receptory vnímavé buňky. Membránový receptor takové buňky musí obsahovat N-acetylmuramovou (sialovou) kyselinu.

Neuraminidáza má hřibovitý tvar a je lokalizována na povrchu viru mezi výběžky hemaglutininu. Má schopnost štěpit N-acetylmuramovou kyselinu a přilehlou sacharidovou část glykoproteinů v hlenové vrstvě na povrchu buňky. Tak virus proniká k buňce a může se vyhnout nespecifickým inhibitorům chřipkového viru.